Nasce a Capodistria il 29 marzo 1561 da Antonio, di origini friulane, ed Elisabetta Cordonia, capodistriana. Antonio, il padre, serve la Serenissima come sopramassaro delle munizioni e in tenera età Santorio trasloca nella città lagunare insieme al fratello Isidoro, mentre le sorelle Piana e Franceschina restano a Capodistria dove si sposano.
A Venezia può studiare materie umanistiche grazie al sostegno dei patrizi Morisini, amici della famiglia Sartorio, e nel 1575 effettua studi filosofici con Giacomo Zabarella e medicina con Bernardino Paterno; durante questi a
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