Sembra risalire al 1222 la data di fondazione della chiesa di proprietà della nobile famiglia Baffo nel cui luogo venne eretto un oratorio dedicato a Santa Maria Maddalena Penitente.
Nel 1758 si decise di bandire un concorso di idee nel quale spiccarono i progetti di tre illustri architetti: Giorgio Massari (1686-1766), Giovanni Vettori e Tommaso Temanza; quest'ultimo ebbe la meglio mentre i primi due vennero esclusi in quanto il loro disegno fu considerato troppo "voluminoso".
La chiesa presenta una pianta circolare e all'interno prende una forma esagonale e risulta chiara l'ispirazione all'architettura dell'antica Roma ed, in particolare, al Pantheon (in scala ridotta).
Attualmente, spesso, questo luogo viene utilizzato per manifestazioni artistiche.