Uno dei 5 musei navali d'Italia, per gli amanti delle navi e non solo.
L'ultimo Capitano da mar della Marina veneziana fu Angelo Emo a cui è stato dedicato un monumento funebre — scolpito da Giovanni Ferrari, detto il Torretto — per aver liberato i mari dai pirati barbareschi.
Nel 1964 venne decretato il trasferimento del Museo Storico Navale della Marina Militare, dalla precedente area interna all’Arsenale verso l'attuale ubicazione presso l'ex magazzino delle farine. Il museo si sviluppa lungo un percorso di cinque piani e si estende, oltre all'ex granaio, anche nella vicina chiesa di San Biagio — che svolge comunque regolare funzione di culto — e nel padiglione delle navi, all'interno dei tre capannoni noti anche come fabbrica od officina dei remi.
Il pianterreno ed il primo piano sono dedicati principalmente alla storia della marineria veneziana: tra gli oggetti più interessanti in esposizione figurano un autentico siluro a lenta corsa detto maiale ed il modellino del Bucintoro — la nave ammiraglia della Serenissima usata dal Doge, anche per la Festa della Sensa — realizzato nell’Ottocento.
Al terzo piano è custodita la gondola appartenuta a Peggy Guggenheim, insieme ad una serie di preziosi modelli di giunche orientali.
Al quarto piano si trova la Sala svedese, dedicata ai rapporti tra la Svezia e l'Italia, dove si può osservare la collezione di conchiglie donata dalla stilista Roberta di Camerino.
Nel padiglione delle navi sono custoditi alcuni esemplari di imbarcazioni, sia tipiche veneziane — come ad esempio le gondole da cerimonia e le barche lagunari da lavoro — che militari, nonché una parte della sala macchine del panfilo Elettra di Guglielmo Marconi.
