Eretto nell'Ottocento per volere di Giovanni Stucky, imprenditore e finanziere di nobile famiglia svizzera. L'intenzione del proprietario era di realizzare un mulino che sfruttasse il canale veneziano per trasportare all'isola di Giudecca, in maniera veloce, il grano; questo stabile, diede lavoro, a pieno regime, a più di 1500 operai e fu in grado di macinare, nel periodo di maggiore efficienza, più di duemila quintali di farina al giorno.
Nel 1895 circa fu ampliato e modificato dall'architetto Wullekopf dandone le sembianze di oggi, inserendo il nome del proprietario, Stucky, sormontato da un orologio.
Nel 1910 iniziò la sua decadenza fino alla sua chiusura avvenuta nel 1955.
Nel 1994 la società Acqua Pia Antica Marcia (gruppo Acqua Marcia) rilevò lo stabile, ma nel 2003 il Molino Stucky fu colpito da un enorme incendio che creò ingenti danni, tanto che la parte est crollò interamente sul sottostante rio; venne ricostruito mantenendo inalterata l'architettura della vecchia struttura.
A metà degli anni 2000 la società Acqua Pia Antica Marcia stipula una collaborazione con la catena di alberghi Hilton che porterà ad una sua riqualificazione con la realizzazione di una sede alberghiera e di un centro congressi; il complesso viene inaugurato nel 2007.
