Alla morte di Giovanni Querini Stampalia nel 1869, l’allora fondazione scientifica ottenne quale lascito testamentale la proprietà di Palazzo Querini Stampalia che fu la dimora del defunto.
Con Regio Decreto di Vittorio Emanuele II e grazie alla generosità del Conte Giovanni, il 21 giugno 1869 nasce quella che sarà l'attuale Fondazione Querini Stampalia, in tutta la sua interezza.
Il museo conserva ancora gli arredi dell’antica abitazione queriniana oltre che all’importante patrimonio artistico accumulato dai suoi inquilini nel corso della storia. La pinacoteca (collocata al secondo piano) costituisce una parte importante del museo ed arriva a contare circa 400 tele realizzate sia da artisti rappresentanti della scuola fiamminga che di quella veneziana per eccellenza (Giovanni Bellini, Jacopo Palma il Vecchio, Giambattista Tiepolo ed altri ancora). Negli corso degli anni il patrimonio è stato ampliato tramite l’acquisizione di opere d’arte contemporanea, anche grazie alle varie attività della fondazione legate a questo capo (tra le quali figura anche il concorso “FURLA per l’arte” dedicato agli artisti italiani emergenti).
L’area al piano terra è frutto di lavori di restauro attuati tra il 1959 ed il 1963 sotto la direzione di Carlo Scarpa (autore anche del disegno progettuale del cortile).
